ИСПОЛЬЗОВАНИЕ ИНСТРУМЕНТОВ ДЕНСИТОМЕТРИИ ПРИ КОЛИЧЕСТВЕННЫХ ОБСЧЕТАХ БЕЛКОВЫХ ФРАКЦИЙ


https://doi.org/10.21323/2414-438X-2017-2-3-49-65

Полный текст:


Аннотация

При исследовании протеомных профилей белков, многие ученые останавливаются на этапе получения итоговых данных эксперимента в  виде картины гелей, не представляя возможности и перспективы применения современных компьютерных и  биоинформационных ресурсов, позволяющих перевести результат из качественного в количественный.
Использование компьютерных технологий позволило осуществить не только сохранение записанных изображений, но и  обеспечить выполнение расчетов хроматограмм на базе цифрового видеоизображения хроматограммы.
Отличительными чертами денситометрии с  использованием видео технологий являются, высокая скорость расчетов, низкая стоимость расходных материалов.
Заархивированные хроматограммы в  электронном виде можно использовать, в том числе и для расчетов, в любое время.
Таким образом, проведенный «ручной» биоинформационный анализ позволяет не только использовать различные программные обеспечения денситометров для перевода и сохранения гелей в электронный вид, но и количественно интерпретировать полученные результаты.
В данной работе представлены методы практического применения элементов биоинформатики при интерпретации результатов белковых профилей, полученных одномерным и двумерным электрофорезом, переведенные в электронно-цифровое изображение. Рассмотрены аспекты количественной интерпретации электрофореграмм, как одномерного электрофореза (1ДЕ), так и двумерного электрофореза (2ДЕ) полученных в  результате исследования мышечной ткани сельскохозяйственных животных. Приведены примеры использования различных программ обсчетов. Выполнение работ в данном направлении позволит значительно расширить подходы к  идентификации и  количественному определению белковых маркеров качества, функциональности и безопасности продовольственного сырья и готового продукта в целом, а также провести метрологическую экспертизу получаемых результатов для подтверждения заявленного соответствия продукта.


Об авторе

Наталья Леонидовна Вострикова
Федеральный научный центр пищевых систем им. В.М. Горбатова РАН
Россия
кандидат технических наук, заведующий лабораторией «Научно-методические работы, биологические и аналитические исследования», Федеральный научный центр пищевых систем им. В.М. Горбатова РАН. 109316, г.Москва, ул. Талалихина, д.26 Тел.: +7–495–676–79–81


Список литературы

1. Westermeier, R. Proteomics in Practice: A Guide to Successful Experimental Design/ R. Westermeier, T. Naven, H.R. Hopker// Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim.—2008. — p. 1–8.

2. Westermeier, R. Proteomics in Practice: A Guide to Successful Experimental Design/ R. Westermeier, T. Naven, H.R. Hopker // Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim. — 2008. — P. 15–19.

3. Zheng, С.Y. Native PAGE eliminates the problem of PEG–SDS interaction in SDS–PAGE and provides an alternative to HPLC in characterization of protein PEGylation / C.Y. Zheng, G. Ma, Z. Su // Electrophoresis. — 2007. — № 28. — Р. 2801–2807.

4. Xu, С. Software for computational peptide identification from MS-MS data / C. Xu, B. Ma.// Drug Discovery Today. — 2006. — Vol. 11. — № 13/14. — Р. 595–600.

5. Righetti, P.G. The Proteome Revisited Theory and Practice of all Relevant Electrophoretic Steps / P.G. Righetti, A. Stoyanov, M.Y. Zhukov // Journal of Chromatography Library. — 2001. — Volume 63. — Pages V–VII.

6. Сборник методических указаний для обучающихся к практическим занятиям по дисциплине «Медицинская информатика» для специальности 060101 — Лечебное дело (очная форма обучения) / сост. Е. И. Кичигина, [и др.]. — Красноярск: тип. КрасГМУ, 2012. — 385 с.

7. Shishkin, S.S. Proteomic Approaches for the Study of Transgelins as Tumor-associated Proteins and Potential Biomarkers / S.S. Shishkin, M.A. Kovaleva, L.S. Eryomina, K.V. Lisitskaya, L.I. Kovalev // Current Proteomics.— 2013. — Vol. 10.— № 2. — Р. 165–178.

8. Интервью с А. Ю. Лянгузовым, Государственный научно-исследовательский институт особо чистых биопрепаратов, преподавателем кафедры биохимии биолого-почвенного факультета СПбГУ [Электронный ресурс: URL: http://old.ci.ru/inform23_02/p_22.htm/. Дата обращения: 26.09.2017]

9. Вострикова Н.Л., Чернуха И.М. Биоинформатика — инструмент интерпретации протеомных профилей белков мяса. Теория и практика переработки мяса. 2017;2(1):4–17. DOI:10.21323/2414–438X‑2017–2–1–4–17

10. Shishkin, S.S. The application of proteomic technologies for the analysis of muscle proteins of farm animals used in the meat industry (Review)/S.S. Shishkin, L.I. Kovalev, M.A. Kovaleva, A.V. Ivanov, L.S. Eremina, E.G. Sadykhov// Applied Biochemistry and Microbiology. — 2014. — Vol. 50. — № 5. — P. 421–432.

11. Определение белкового профиля говядины в ходе автолиза / Д.А. Афанасьев, А.Г. Ахремко, И.М. Чернуха, Н.Г. Машенцева // Международная научно-практическая конференция, посвященная памяти Василия Матвеевича Горбатова. М.: ВНИИМП. — 2016. — С. 39.

12. Ковалев, Л.И. Протеомное изучение белков в образцах свинины и выработанных из нее мясных продуктах / Л.И. Ковалев, С.С. Шишкин, М.А. Ковалева, А.В. Иванов. Н.Л. Вострикова, И.М. Чернуха // Все о мясе. — 2013.— № 3. — С. 32–34.

13. Чернуха И.М., Федулова Л.В., Котенкова Е.А., Шишкин С.С., Ковалев Л.И. Влияние автолиза на протеомно-пептидный профиль сердечной мышцы и аорты Bostaurus и Sus scrofa. Теория и практика переработки мяса. 2016;1(2):4–9. DOI:10.21323/2414–438X‑2016–1–2–4–9.

14. Picard, B. Recent advances in omic technologies for meat quality management / B. Picard, B. Lebret, I. Cassar-Malek, L. Liaubet, C. Berri, B. Le Bihan-Duval, J.F. Hocquette, G. Renand // Meat Science. — 2015. — Vol. 109. — P. 18–26.

15. Zhang, R. Polymorphisms and expression analysis of SOX‑6 in relation to porcine growth, carcass, and meat quality traits. / R. Zhang, C. Gross-Brinkhaus, H. Heidt, M.J. Uddin, M.U. Cinar, D. Tesfaye, E. Tholen, C. Looft, K. Schellander, C. Neuhoff // Meat Science –2015. — Vol.107. — P. 26–32.

16. Lametsch, R. Proteomics in Muscle-to-Meat Conversion // Proceedings of the American Meat Science Association 64th Reciprocal Meat Conference (June 19–222011, Kansas State University Manhattan, Kansas).— 2012. — P. 19–23.

17. UniProtKB/Swiss-Prot/SIB Swiss Institute of Bioinformatics [Электронныйресурс: URL: http://web.expasy.org/docs/swissprot_guideline.html. Дата обращения: 18.07.2017]

18. Sun, H. Proteomic and bioinformatic analysis of differentially expressed proteins in denervated skeletal muscle / H. Sun, J. Qiu, Y. Chen, M.Yu, F. Ding, X. Gu, // International journal of molecular medicine.— 2014. — Vol. 33.— № 6. — P. 1586–1596.

19. Манюхин, Я.С. Изучение белков конины с помощью протеомных технологий/ Я.С. Манюхин, И.М. Чернуха, Л.И. Ковалев, А.В. Иванов, М.А. Ковалева, С.С. Шишкин // Все о мясе.— 2014.— № 3. — С. 20–25.

20. Moczkowska, М. The effect of the packaging system and storage time on myofibrillar protein degradation and oxidation process in relation to beef tenderness./ M. Moczkowska, A. Półtorak, M. Montowska, E. Pospiech, A. Wierzbicka // Meat Science.— 2017. — Vol. 130. — P. 7–15.


Дополнительные файлы

Для цитирования: Вострикова Н.Л. ИСПОЛЬЗОВАНИЕ ИНСТРУМЕНТОВ ДЕНСИТОМЕТРИИ ПРИ КОЛИЧЕСТВЕННЫХ ОБСЧЕТАХ БЕЛКОВЫХ ФРАКЦИЙ. Теория и практика переработки мяса. 2017;2(3):49-65. https://doi.org/10.21323/2414-438X-2017-2-3-49-65

For citation: Vostrikova N.L. THE USE OF TOOLS DENSITOMETRY IN THE QUANTITATIVE COMPUTATIONS OF PROTEIN FRACTIONS. Theory and practice of meat processing. 2017;2(3):49-65. (In Russ.) https://doi.org/10.21323/2414-438X-2017-2-3-49-65

Просмотров: 153

Обратные ссылки

  • Обратные ссылки не определены.


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2414-438X (Print)
ISSN 2414-441X (Online)