ИЗУЧЕНИЕ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ У ПРОКАРИОТ


https://doi.org/10.21323/2414-438X-2018-3-2-40-52

Полный текст:


Аннотация

Количественная полимеразная цепная реакция (qПЦР) в реальном времени — один из методов оценки уровня экспрессии генов. Интерес к изучению молекулярных механизмов экспрессии генов и ее оценки в прокариотической клетке обусловлен недостатком исследований по данному вопросу и рядом методологических проблем. В работе представлено изучение механизма экспрессии генов у прокариот на примере генов гиразы Б и коллагеназы Aeromonas salmonicida AS1. В результате проведенных исследований были протестированы применяемые в реакции обратной транскрипции случайный (Random) и праймер oligo (dT) с «якорем» (два крайних нуклеотида праймера по 3` концу, комплементарные нуклеотидам стоп-кодона транскрибируемой последовательности ДНК) и адаптером собственной разработки. Применение oligo (dT) праймера стало возможным только после полиаденирования выделенной РНК с помощью специального набора с поли — А полимеразой. Установлено, что разработанный нами протокол проведения обратной транскрипции (ОТ) с использованием oligo (dT) праймера и определенной последовательностью адаптера на его 5` конце, предназначенного для дальнейшего отжига реверс-праймера при проведении ПЦР в реальном времени наряду с предварительным полиаденилированием РНК исключает специфическую амплификацию остаточной фоновой геномной ДНК. Данная методика может найти применение в оценке уровня экспрессии низкоэкспрессионных генов при высоком содержании примеси фоновой геномной ДНК в образце РНК, например, на конечной стадии логарифмического роста прокариотической клетки.

Критерии авторства

Ответственность за работу и  предоставленные сведения несут все авторы. Все авторы в равной степени участвовали в этой работе. Минаев М.Ю. разрабатывал научно-методический подход к проведению работ, определял объем исследований, анализировал полученные данные, выполнял описательную часть и корректировала финальную версию статьи. Махова А.А. отбирала объекты исследования, проводила выделение РНК, обратную транскрипцию, постановки ПЦР, выполняла описательную часть. Авторы в равных долях имеют отношение к написанию рукописи и одинаково несут ответственность за плагиат.

Конфликт интересов

Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.


Об авторах

М. Ю. Минаев
Федеральный научный центр пищевых систем им. В.М. Горбатова РАН
Россия

Минаев Михаил Юрьевич  — кандидат технических наук, руководитель направления молекулярно-биологических исследований, ведущий научный сотрудник,  лаборатория «Гигиена производства и  микробиология» 

109316 г. Москва, ул. Талалихина 26, Тел.: +7–495–676–60–11



А. А. Махова
Федеральный научный центр пищевых систем им. В.М. Горбатова РАН
Россия

Махова Анжелика Александровна  — младший научный сотрудник, лаборатория «Гигиена производства и микробиология»

109316 г. Москва, ул. Талалихина 26, Тел.: +7–495–676–60–11



Список литературы

1. Sharkey, F.H., Banat, I.M., Marchant, R. (2004). Detection and Quantification of Gene Expression in Environmental Bacteriology. Applied and Environmental Microbiology, 70(7), 3795– 3806.

2. Епринцев, А.Е., Попов, В.Н., Федорин, Д.Н. (2008). Идентификация и исследование экспрессии генов Учебно-методическое пособие для вузов. Издательско-полиграфический центр Воронежского государственного университета, 18–29.

3. Bustin, S.A. (2002). Quantification of mRNA using real-time reverse transcription PCR (RT-PCR): Trends and problems. Journal of Molecular Endocrinology, 29(1), 23–39.

4. Freeman, W.M., Walker, S.J., Vrana, K.E. (1999). Quantitative RT-PCR: pitfalls and potentials. BioTechniques, 26(1), 112–125.

5. Klein, D. (2002). Quantification using real-time PCR technology: applications and limitations. Trends in Molecular Medicine, 8(6), 257–260.

6. Lebuhn, M., Derenkó, J., Rademacher, A., Helbig, S., Munk, B., Pechtl, A., Stolze, Y., Prowe, S., Schwarz, W., Schlüter, A., Liebl, W., Klocke, M. (2016). DNA and RNA Extraction and Quantitative Real-Time PCR-Based Assays for Biogas Biocenoses in an Inter laboratory Comparison. Bioengineering, 3(1), 7.

7. Антонова, О.С., Корнева, Н.А., Белов, Ю.В., Курочкин, В.Е. (2010). Эффективные методы выделения нуклеиновых кислот для проведения анализов в молекулярной биологии. Обзор. Научное приборостроение, 20(1), 3–9.

8. Bachoon, D.S., Chen, F., Hodson, R.E. (2001). RNA recovery and detection of mRNA by RT-PCR from preserved prokaryotic samples. FEMS Microbiology Letters, 201(2), 127–132.

9. Ребриков, Д.В., Ильинский, В.В., Коростин, Д.О., Шубина, Е.С. (2014). NGS: высокопроизводительное секвенирование. М, БИНОМ. Лаборатория знаний. — 232 с.

10. Liebermeister, W. (2002). Linear modes of gene expression determined by independent component analysis. Bioinformatics, 18(1), 51–60.

11. Конон, А.Д., Петровский, С.В., Шамбурова, М.Ю., Уварова, А.В., Козлова, Ю.О., Григорьева, М.В., Москвичев, Б.В. (2016). Особенности биотехнологий клостридиальных коллагеназ — перспективных ферментов медицинского назначения. Медицина экстремальных ситуаций, 2(56), 45–57.


Дополнительные файлы

Для цитирования: Минаев М.Ю., Махова А.А. ИЗУЧЕНИЕ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ У ПРОКАРИОТ. Теория и практика переработки мяса. 2018;3(2):40-52. https://doi.org/10.21323/2414-438X-2018-3-2-40-52

For citation: Minaev M.Y., Makhova A.A. THE STUDY OF PROKARYOTIC GENE EXPRESSION. Theory and practice of meat processing. 2018;3(2):40-52. (In Russ.) https://doi.org/10.21323/2414-438X-2018-3-2-40-52

Просмотров: 103

Обратные ссылки

  • Обратные ссылки не определены.


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2414-438X (Print)
ISSN 2414-441X (Online)