<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.3 20210610//EN" "JATS-journalpublishing1-3.dtd">
<article article-type="research-article" dtd-version="1.3" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xml:lang="en"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">meat</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="en">Theory and practice of meat processing</journal-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>Теория и практика переработки мяса</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn pub-type="ppub">2414-438X</issn><issn pub-type="epub">2414-441X</issn><publisher><publisher-name>ФГБНУ «Федеральный научный центр пищевых систем им. В.М. Горбатова» РАН</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="doi">10.21323/2414-438X-2017-2-1-4-17</article-id><article-id custom-type="elpub" pub-id-type="custom">meat-43</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="heading"><subject>Research Article</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="section-heading" xml:lang="ru"><subject>Статьи</subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title>BIOINFORMATICS — INSTRUMENT INTERPRETATION PROTEOMIC PROFILES OF MEAT PROTEIN</article-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>БИОИНФОРМАТИКА — ИНСТРУМЕНТ ИНТЕРПРЕТАЦИИ ПРОТЕОМНЫХ ПРОФИЛЕЙ БЕЛКОВ МЯСА</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Вострикова</surname><given-names>Н. Л.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Vostrikova</surname><given-names>N. L.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>кандидат технических наук, заведующий лабораторией «Научно-методические работы, биологические и  аналитические исследования», Всероссийский научно-исследовательский институт мясной промышленности им. В.М. Горбатова</p></bio><bio xml:lang="en"><p>candidate of technical sciences, head of laboratory «Scientiﬁc and methodical work, biological and analytical research»</p></bio><email xlink:type="simple">nvostrikova@list.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Чернуха</surname><given-names>И. М.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Chernukha</surname><given-names>I. M.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>доктор технических наук, про-фессор, ведущий научный сотрудник Экспериментальной клиники-лаборатории биологически активных веществ животного происхождения</p></bio><bio xml:lang="en"><p>doctor of technical sciences, professor, corresponding members of RAS, leading research scientist of Experimental clinic — laboratory «Biologically active substances of an animal origin»</p></bio><email xlink:type="simple">imcher@inbox.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-2"/></contrib></contrib-group><aff-alternatives id="aff-1"><aff xml:lang="ru"><institution>Всероссийский научно-исследовательский институт мясной промышленности им. В.М. Горбатова</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>The V.M. Gorbatov All-Russian Meat Research Institute</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff-2"><aff xml:lang="ru"><institution>Всероссийский научно-исследовательский институт мясной промышленности имени В.М. Горбатова</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>The V.M. Gorbatov All-Russian Meat Research Institute</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><pub-date pub-type="collection"><year>2017</year></pub-date><pub-date pub-type="epub"><day>04</day><month>04</month><year>2017</year></pub-date><volume>2</volume><issue>1</issue><fpage>4</fpage><lpage>17</lpage><permissions><copyright-statement>Copyright &amp;#x00A9; Vostrikova N.L., Chernukha I.M., 2017</copyright-statement><copyright-year>2017</copyright-year><copyright-holder xml:lang="ru">Вострикова Н.Л., Чернуха И.М.</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="en">Vostrikova N.L., Chernukha I.M.</copyright-holder><license xml:lang="ru" license-type="creative-commons-attribution" xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/" xlink:type="simple"><license-p>Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.</license-p></license><license xml:lang="en" license-type="creative-commons-attribution" xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/" xlink:type="simple"><license-p>This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.</license-p></license></permissions><self-uri xlink:href="https://www.meatjournal.ru/jour/article/view/43">https://www.meatjournal.ru/jour/article/view/43</self-uri><abstract><p>Proteomic technologies have proven very eﬀective for detection in meat products of biochemical changes, such as changes in heat resistant and species-speciﬁc proteins that could be relevant bio-markers.</p><p>In the work presented in this report (for the period of 2013–2016), several tissue-speciﬁc proteins were detected in the samples of meat and specially developed meat products using proteomic technologies and identiﬁed as individual biomarkers in meat product control.</p><p>The existence of a large number of diﬀerent proteins resulted in the need to create information arrays — databases (or banks). Currently, there are a number of general and specialized databases that are available online to anyone interested. When studying protein proteomic proﬁles, many scientists stop at the stage of two-dimensional electrophoregrams sometimes even without ideas about the future prospects of using modern instruments and bioinformation resources to conﬁrm or refute their hypotheses, and sometimes just to identify. This overview shows the chain of actions that allows going from proﬁling proteins in the gel to a speciﬁc interpretation of the results. Studies in this ﬁeld have enabled formulating and signiﬁcantly expanding the approaches to the identiﬁcation and quantiﬁcation of protein markers of quality, functionality and safety of meat raw material (detection of falsiﬁcation) in the ﬁnished meat products. Based on the obtained data, the information was systematized using bioinformatics techniques with creation of the unique Atlas «Proteomic proﬁles of farm animal meat proteins.»</p></abstract><trans-abstract xml:lang="ru"><p>Протеомные технологии оказались весьма эффективными для выявления в  мясных продуктах биохимических изменений, таких как изменения термоустойчивых и видоспецифичных белков, способных стать соответствующими биомаркерами. В работе, представленной в  данном обзоре (в период с 2013–2016 гг), с помощью протеомных технологий в исследуемых образцах мяса и в специально выработанных мясных изделиях, было определено несколько тканеспецифичных белков, которые были определены как индивидуальные биомаркеры при контроле мясных изделий. Существование огромного количества разнообразных белков привело к необходимости создания информационных массивов — баз (или банков) данных. В настоящее время существует множество общих и специализированных баз данных, которые доступны в Интернете каждому желающему. При исследовании протеомных профилей белков, многие ученые останавливаются на этапе получения двумерных электро-фореграмм, не имея порой даже представления о дальнейших перспективах использования современных инструментальных и биоинформационных ресурсов, позволяющих подтвердить или опровергнуть их гипотезы, а порой просто идентифицировать. В данной статье представлена цепочка действий, позволяющих пройти путь от получения профиля белков на геле, до конкретной интерпретации полученного результата. Выполнение исследований в данном направлении позволило сформулировать и  значительно расширить подходы к идентификации и количественному определению белковых маркеров качества, функциональности и безопасности мясного сырья (выявления фальсификации) в готовых мясных продуктах. По полученным данным систематизирована информация с помощью методов биоинформатики, позволившая создать уникальный Атлас «Протеомные профили белков мяса сельскохозяйственных животных».</p></trans-abstract><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>биоинформатика</kwd><kwd>протеомика</kwd><kwd>белки</kwd><kwd>базы данных</kwd><kwd>двумерный электрофорез</kwd><kwd>протеомный профиль белка</kwd></kwd-group><kwd-group xml:lang="en"><kwd>bioinformatics</kwd><kwd>proteomics</kwd><kwd>protein database</kwd><kwd>two- dimensional electrophoresis</kwd><kwd>protein proteomic proﬁle</kwd></kwd-group></article-meta></front><back><ref-list><title>References</title><ref id="cit1"><label>1</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Электронный ресурс. URL:http://web.expasy.org/docs/ swiss-prot_guideline.html/ UniProtKB/Swiss-Prot/SIB Швейцарский Институт биоинформатики. (дата обращения: 26.10.2016).</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Electronic resource. URL:http://web.expasy.org/docs/ swiss-prot_guideline.html/ UniProtKB/Swiss-Prot/SIB Swiss Institute of Bioinformatics (access date: 26.10.2016).</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit2"><label>2</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Замятнин, А.А. Фрагменты пищевых белков — регуляторные олигопептиды / А.А. Замятнин, О.Л. Воронина // Биохимия. — 2012. –Т. 77. — № 5. — С. 622–632.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Zamyatnin, А.А. Fragments of food proteins — regulatory oligopeptides / А.А. Zamyatnin, О.L. Voronina // Biochemistry. — 2012. – V. 77. — № 5. — P. 622–632.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit3"><label>3</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Замятнин, А.А. Блистающий мир белков и пептидов / А.А. Замятнин // Биология. — 2002. — № 25. — С. 8–13.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Zamyatnin, А.А. Brilliant world of proteins and peptides / А.А. Zamyatnin // Biology — 2002. — V. 25. — P. 8–13.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit4"><label>4</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Протеомика — шаг, следующий за геномикой / Антон Иванов, STRF.ru Электронный ресурс.URL: http://old.strf. ru/material.aspx?CatalogId=352&amp;d_no=11979#.WFln3lOLTIU (дата обращения: 26.10.2016)</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Proteomics — a step following genomics/ Anton Ivanov, STRF.ru Electronic resource.URL: http://old.strf.ru/material. aspx?CatalogId=352&amp;d_no=11979#.WFln3lOLTIU (access date: 26.10.2016)</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit5"><label>5</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Sun, H. Proteomic and bioinformatic analysis of differentially expressed proteins in denervated skeletal muscle / H. Sun, J. Qiu, Y. Chen et al. // Int. J. Mol. Med. — 2014. — V. 33. — № 6. — P. 1586–1596.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Sun, H. Proteomic and bioinformatic analysis of differentially expressed proteins in denervated skeletal muscle / H. Sun, J. Qiu, Y. Chen et al. // Int. J. Mol. Med. — 2014. — V. 33. — № 6. — P. 1586–1596.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit6"><label>6</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Weckwerth, W. Metabolomics: an integral technique in systems biology // Bioanalysis. — 2010. — V. 2. — Р. 829–836.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Weckwerth, W. Metabolomics: an integral technique in systems biology // Bioanalysis. — 2010. — V. 2. — Р. 829–836.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit7"><label>7</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Venter, C.J. The Sequence of the Human Genome / C.J. Venter, M.D. Adams, E.W. Myers et al. // Science. — 2001. — V.291. — P. 1304–1351.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Venter, C.J. The Sequence of the Human Genome / C.J. Venter, M.D. Adams, E.W. Myers et al. // Science. — 2001. — V. 291. — P. 1304–1351.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit8"><label>8</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Ковалев, Л.И. Протеомное изучение белков в образцах свинины и выработанных из нее мясных продуктах/Ковалев Л.И., Шишкин С.С., Ковалева М.А., Иванов А.В., Вострикова Н.Л., Чернуха И.М.// Всё о мясе. — 2013. — №3. — С. 32–34.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Kovalev, L.I. Proteomic study of proteins in the pork and pork product samples / Kovalev L.I., Shishkin S.S., Kovaleva М.А., Ivanov А.V., Vostrikova N.L., Chernukha I.M.// All About Meat . — 2013. — № 3. — P. 32–34.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit9"><label>9</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Novel markers for tying-up in horses by proteomics analysis of equine muscle biopsies / F.G. Bouwman, M.M van Ginneken, J.H. van der Kolk, E.C. Mariman // Comp BiochemPhysiol Part D Genomics Proteomics. — 2010. — V. 5 — № 2. — Р. 178–183. DOI: 10.1016/j.cbd.2010.03.009.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Novel markers for tying-up in horses by proteomics analysis of equine muscle biopsies / F.G. Bouwman, M.M van Ginneken, J.H. van der Kolk, E.C. Mariman // Comp BiochemPhysiol Part D Genomics Proteomics. — 2010. — V. 5 — № 2. — Р. 178–183. DOI: 10.1016/j.cbd.2010.03.009.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit10"><label>10</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Shibata, M. Differetional expression of the skeletal muscle proteome in grazed cattle / M. Shibata, K. Matsumoto, M. Oe et al. // J. anim. Sci. — 2009. — V. 87. — № 8. — P. 2700–2708.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Shibata, M. Differetional expression of the skeletal muscle proteome in grazed cattle / M. Shibata, K. Matsumoto, M. Oe et al. // J. anim. Sci. — 2009. — V. 87. — № 8. — P. 2700–2708.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit11"><label>11</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">The human plasma proteome: a nonredundant list developed by combination of four separate sources / N.L. Anderson, M. Polanski, R. Pieper, et al. // Mol. Cell Proteomics. — 2004. — V. 3. — № 4. — P. 311–326.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">The human plasma proteome: a nonredundant list developed by combination of four separate sources / N.L. Anderson, M. Polanski, R. Pieper, et al. // Mol. Cell Proteomics. — 2004. — V. 3. — № 4. — P. 311–326.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit12"><label>12</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Применение протеомных технологий для анализа мышечных белков сельскохозяйственных животных, используемых в мясной промышленности (обзор) / С.С. Шишкин, Л.И. Ковалев, М.А. Ковалева и др. // Прикладная биохимия и микробиология. — 2014. — № 5. — С. 453–465.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Application of proteomic technologies for analysis of muscle proteins from farm animal used in the meat industry (a review) / S.S. Shishkin, L.I. Kovalev, М.А. Kovaleva // Applied biotechnology and microbiology. — 2014. — № 5. — P. 453–465.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit13"><label>13</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Shishkin S.S., Kovaleva M.A., Eryomina L.S., Lisitskaya K.V., Kovalev LI. Proteomic Approaches for the Study of Transgelins as Tumor-associated Proteins and Potential Biomarkers. // Current Proteomics. — 2013. — V. 10. — № 2. — Р. 165–178.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Shishkin S.S., Kovaleva M.A., Eryomina L.S., Lisitskaya K.V., Kovalev LI. Proteomic Approaches for the Study of Transgelins as Tumor-associated Proteins and Potential Biomarkers. // Current Proteomics. — 2013. — V. 10. — № 2. — Р. 165–178</mixed-citation></citation-alternatives></ref></ref-list><fn-group><fn fn-type="conflict"><p>The authors declare that there are no conflicts of interest present.</p></fn></fn-group></back></article>
